2014 JPR: 翻译组学被国际人类蛋白质组计划(HPP)列为四大支柱之一
在2014年1月1日出版的Journal Proteome Research 专刊 Chromosome-centric Human Proteome Project II 上,王通、张弓、何庆瑜团队发表论文 Resolving Chromosome-Centric Human Proteome with Translating mRNA Analysis: A Strategic Demonstration,指出翻译组分析可以作为人类蛋白质组计划(Human Proteome Project, HPP)的重要支柱之一,被人类蛋白质组组织(HUPO)列为HPP计划的第四支柱,与质谱技术、生物信息学和抗体技术并列。
JPR 2014文章配图:Resolving Chromosome-Centric Human Proteome with Translating mRNA Analysis: A Strategic Demonstration
人类蛋白质组计划(HPP)是人类基因组计划(HGP)完成后的又一重大国际合作项目,旨在全面鉴定、认识人类基因组中所有的蛋白质及其生物学/疾病作用。但现有蛋白质组学技术仍然还有诸多的缺陷,因此我们提出采用翻译组分析技术来克服现有困难,并用肺上皮细胞系和结直肠癌细胞系进行了策略演示:
- 翻译组测序技术检测精度非常高,比现有质谱技术高得多,且不受蛋白质理化性质的影响,有利于穷举正在翻译的基因。
- 翻译组测序可以轻易达到很高的序列覆盖度,因此有能力定量检测各种序列变异体(包括单点突变、可变剪切体等) 。
- 翻译组测序可以提供基因的翻译证据,发现以往认为是“非编码基因”实际上可以编码新的蛋白质,校正人类基因组的注释错误。
- 翻译组数据可以作为基准来整合各实验室的质谱数据。
- 可以在全基因组范围内分析所有基因的翻译效率和翻译开关(组织特异性表达和翻译差异)。
在这一指导思想的指导下,C-HPP计划中国团队通力合作完成了肝癌细胞系的转录组-翻译组-蛋白质组联合分析,用翻译组测序技术从每种肝癌细胞系中定量测定了14000~15000个正在翻译的基因,发表了4篇论文:
- Systematic analyses of the transcriptome, translatome, and proteome provide a global view and potential strategy for the C-HPP
- Systematic analysis of missing proteins provides clues to help define all of the protein-coding genes on human chromosome 1
- Chromosome-8-Coded Proteome of Chinese Chromosome Proteome Data Set (CCPD) 2.0 with Partial Immunohistochemical Verifications
- Omics Evidence: Single Nucleotide Variants Transmissions on Chromosome 20 in Liver Cancer Cell Lines
在2014年3月韩国釜山召开的C-HPP计划工作会议上,翻译组测序分析技术被HUPO列为2014年的首要突出贡献。